首份地球微生物多样性数据集出炉:2.7万份样本

来源:科技日报 作者:张梦然 发表时间:2017-11-02 14:16

英国《自然》杂志10月31日发表了一篇微生物学重要论文:科学家通过分析2.7万份来自全球范围内不同环境所得的微生物样本,对细菌和古菌的多样性进行了前所未有的深入解读。该元分析属于地球微生物组计划(EMP)第一期的一部分,该计划的最终目标是表征地球上所有的微生物。

微生物生态研究的一个重要目标,就是确定微生物群落是如何形成和散布以及它们是如何互动的。但在全球范围内,想要评估这些特征需要使用大量数据集。

地球微生物组计划希望通过开放合作的科学手段,记录细菌及古菌在全球的分布,从而进一步了解决定群落结构的自然法则。人们早已知道细菌是所有生物中数量最多的一类;而古菌很可能就是最古老的生命体,尽管与细菌有很多相似之处,但在基因上与细菌不同,存在重复序列与核小体这点更与真核生物类似。

此次在项目一期,美国加州大学圣地亚哥分校研究人员卢克·汤普森及其同事,展示了对微生物群样本的元分析,这些样本由全球各地上百名研究人员采集。他们分析了27751份来自土壤、水、动物及植物栖息地的样本,并对样本进行核糖体RNA(rRNA)基因测序,最终获得22亿个DNA测序读数。

这项研究以开放合作的方式,揭示了群落形成的规律及特定有机物的全球分布,使人类对微生物如何分散及移植到生态位有更深的理解。除此之外,该数据还为未来微生物生态学的进一步研究提供了非常重要的参考和架构。

总编辑圈点

哇!2.7万多份样本,22亿个测序读数……厉害了,微生物群大数据集!一个平台,举全球之力,汇集数据后开放共享,这不正是“科学无国界”的最佳注解吗?实际上,从福荫千秋的人类基因组计划,到日渐丰满的各国大脑计划,从供不应求的天文望远镜观测时段,到“人造太阳”ITER计划参与者的执着与坚持,都在证明一件事——未来人类重大科技成就的取得,很关键的一点在于是否充分应用了相关学科的大数据集。

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